सार्वजनिक डाटा विश्लेषण
SARS-CoV-2 वंशहरूको डेटा र चिलीबाट उपलब्ध अनुक्रमहरूबाट नमूना लिइएको मिति Consorcio Genomas CoV2 साइटमा उपलब्ध छ। https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global। खोप तथ्याङ्क विज्ञान, प्रविधि, ज्ञान र आविष्कार मन्त्रालयबाट सार्वजनिक तथ्याङ्कबाट प्राप्त गरिएको थियो। https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (उत्पादन 83)।
संक्रमण परख
विभिन्न SARS-CoV-2 स्पाइक प्रोटीनहरू बोक्ने स्यूडोटाइप गरिएका भाइरसहरू हामीले पहिले वर्णन गरेझैं तयार पारिएका थिए।12। छोटकरीमा, HIV-1-आधारित SARS-CoV-2 स्यूडोटाइपहरू HEK293T कोशिकाहरूमा pNL4.3-ΔEnv-Luc लाई 2:1 मोलर अनुपातमा सम्बन्धित pCDNA-SARS-CoV-1 स्पाइक कोडिङ भेक्टरसँग ट्रान्सफेक्ट गरेर उत्पादन गरिएको थियो। एन्डोप्लाज्मिक रेटिकुलममा रिटेन्सनबाट बच्नको लागि ज्ञात C-टर्मिनल एन्ड (SΔ19) को अन्तिम 19 एमिनो एसिडहरूको अभाव भएको कोडोन-अनुकूलित स्पाइक कोडिङ गर्ने प्लाज्मिडहरू।12 जीन संश्लेषण वा अनुकूलित साइट-निर्देशित mutagenesis (GeneScript) द्वारा प्राप्त गरिएको थियो र निम्न उत्परिवर्तनहरू समावेश थिए: वंश A (संदर्भ अनुक्रम), वंश B (D614G), वंश B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), वंश P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, T37, Δ75, Δ76 रेखा) र रेखा। ४६- 246, L252Q, F452S, D490G, T614N)। प्रत्येक स्यूडोटाइप तयारी 859 rpm मा कोठाको तापक्रममा सेन्ट्रीफ्यूगेशनद्वारा खाली गरिएको थियो, HIV-3,000 Gag p1 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems) को प्रयोग गरेर परिमाण निर्धारण गरिएको थियो, 24% भ्रूण बोवाइन सीरम (Sigma-Aldrich) मा एलीक्वेटेड र -50 ° C सम्म भण्डारण गरिएको थियो। प्रयोग गर्नुहोस्। HEK-ACE80 कोशिकाहरूलाई संक्रमित गर्न विभिन्न मात्रामा स्यूडोटाइप गरिएका भाइरसहरू (एचआईभी-1 p24 प्रोटिनको स्तरले निर्धारण गरिएअनुसार) प्रयोग गरियो र ४८ घण्टापछि, ग्लोम्याक्स ९६ माइक्रोप्लेटमा लुसिफेरेज एसे रिएजेन्ट (प्रोमेगा) प्रयोग गरेर फायरफ्लाइ लुसिफेरेज गतिविधि नापियो। ल्युमिनोमिटर (प्रोमेगा)।
तटस्थीकरण परख
स्यूडोटाइप गरिएको भाइरस तटस्थीकरण एसेसहरू हामीले पहिले वर्णन गरे अनुसार अनिवार्य रूपमा प्रदर्शन गरिएको थियो12। छोटकरीमा, प्लाज्मा नमूनाहरू (1:4 देखि 1:8748) को क्रमिक पतनहरू 10% भ्रूण बोवाइन सीरमको साथ DMEM मा तयार गरिएको थियो र 5 घण्टाको अवधिमा 24 डिग्री सेल्सियस र त्यसपछि, 1 × 37 मा प्रत्येक स्यूडोटाइप गरिएको भाइरसको 1 एनजी p10 सँग इन्क्युबेटेड थियो।4 प्रत्येक इनारमा HEK-ACE2 कक्षहरू थपिएका थिए। HEK293T कोशिकाहरू (ACE2 अभिव्यक्त गर्दैन) स्यूडोटाइप भाइरस (वंश A) सँग इन्क्युबेटेड नकारात्मक नियन्त्रणको रूपमा प्रयोग गरियो। ४८ घन्टा पछि कोशिकाहरू लाइज गरियो, र ग्लोम्याक्स ९६ माइक्रोप्लेट लुमिनोमिटर (प्रोमेगा) मा लुसिफेरेज एसे रिएजेन्ट (प्रोमेगा) प्रयोग गरेर फायरफ्लाइ लुसिफेरेज गतिविधि नापियो। प्रत्येक कमजोरीको लागि तटस्थीकरणको प्रतिशत गणना गरिएको थियो र ग्राफप्याड प्रिज्म संस्करण 48 प्रयोग गरेर प्रत्येक नमूनाको ID96 गणना गरिएको थियो।
सांख्यिकीय विश्लेषण
ग्राफप्याड प्रिज्म सफ्टवेयर संस्करण 9.1.2 प्रयोग गरेर सांख्यिकीय विश्लेषणहरू प्रदर्शन गरियो। SARS-CoV-2 स्यूडोटाइप भाइरसहरूको प्यानल विरुद्ध एन्टिबडी टाइटरहरू (NAbTs) तटस्थ गर्नका लागि बहु समूह तुलनाहरू साथै यौन र धुम्रपान स्थितिद्वारा NAbs प्रतिक्रियाहरूको तुलना जोडी विल्कोक्सन साइन-रैंक गरिएको परीक्षण प्रयोग गरी गरिएको थियो। कारक परिवर्तन ID मा ज्यामितीय माध्य titer को भिन्नता को रूप मा गणना गरियो50 वाइल्ड टाइप स्यूडोटाइप भाइरसको तुलनामा। NAbTs र उमेर वा BMI बीचको सम्बन्ध विश्लेषण स्पियरम्यानको परीक्षण प्रयोग गरी गरिएको थियो। एकतर्फी ANOVA र Tukey को बहु तुलनात्मक परीक्षण संक्रामकताको सांख्यिकीय विश्लेषणको लागि गरिएको थियो। एक p मान ≤0.05 सांख्यिकीय रूपमा महत्त्वपूर्ण मानिएको थियो।
नैतिक स्वीकृति
अध्ययन प्रोटोकल युनिभर्सिडेड डे चिली (परियोजना N° 0361-2021 र N° 096-2020) र क्लिनिक सान्ता मारिया (परियोजना N° 132604-21) मा चिकित्सा संकायको नैतिक समिति द्वारा अनुमोदन गरिएको थियो। सबै दाताहरूले सूचित सहमतिमा हस्ताक्षर गरे, र तिनीहरूका नमूनाहरू अज्ञात थिए।
लैम्ब्डा संस्करण मा स्पाइक उत्परिवर्तन को प्रभाव संक्रामकता मा र एंटीबॉडी प्रतिक्रियाहरु को तटस्थ
3695 जुन अनुसार GISAID मा जम्मा गरिएको चिलीबाट 24 अनुक्रमहरूको विश्लेषणth 2021 ले SARS-CoV-2 भेरियन्ट गामा र Lambda को अन्तिम त्रैमासिक लेखाको दौडान, सँगै, सबै अनुक्रमहरूको 79% को लागि स्पष्ट प्रभुत्व देखाउँछ।
चाखलाग्दो कुरा के छ भने, यो अवधि एक व्यापक खोप अभियान द्वारा चित्रण गरिएको छ जसमा लक्षित जनसंख्याको 65.6% (18 वर्ष र वृद्ध व्यक्तिहरू) जुन 27 अनुसार पूर्ण खोप योजना प्राप्त गरेको छ।th 2021
सिनोभ्याक बायोटेकबाट 78.2% पूर्ण योजनाको साथ खोप लगाएका मानिसहरूले निष्क्रिय भ्याक्सिन कोरोनाभ्याक प्राप्त गरेका छन् भन्ने कुरालाई ध्यानमा राख्दै, हामीले यस खोपद्वारा प्राप्त एन्टिबडीहरूको निष्पक्ष क्षमतामा Lambda भेरियन्टमा रहेको स्पाइक उत्परिवर्तनको प्रभावको अनुसन्धान गर्न खोज्यौं।
यसको लागि, हामीले वुहान-१ सन्दर्भ वंश (जंगली प्रकार; वंश A), D1G उत्परिवर्तन (वंश B), र अल्फा (वंश B) बाट स्पाइक प्रोटीन बोक्ने HIV-2-आधारित SARS-CoV-1 स्यूडोटाइप भाइरसहरू उत्पन्न गर्यौं। .614), गामा (वंश P.1.1.7) र Lambda (वंश C.1) भेरियन्टहरू।
भाइरसको तयारीको क्रममा, हामीले लगातार देख्यौं कि लाम्ब्डा स्पाइक बोक्ने स्यूडोटाइप गरिएको भाइरसबाट संक्रमित कोशिकाहरूले D614G उत्परिवर्ती वा अल्फा र गामा भेरियन्टहरूको तुलनामा महत्त्वपूर्ण उच्च बायोल्युमिनेसेन्स मानहरू उत्पादन गरे जसले ल्याम्ब्डा स्पाइक प्रोटीनद्वारा सञ्चालित बढेको संक्रामकतालाई संकेत गर्दछ।
चित्रा 1।विभिन्न स्पाइक प्रोटीन द्वारा मध्यस्थता।
(A) SARS-CoV-2 स्पाइक प्रोटीन र यस अध्ययनमा प्रयोग गरिएका भेरियन्टहरूको योजनाबद्ध प्रतिनिधित्व। वंशावली कोष्ठक मा संकेत गरिएको छ। RBD, रिसेप्टर-बाइंडिंग डोमेन, CM; साइटोप्लाज्मिक पुच्छर।
(B) HIV-1 p24 को बराबर मात्राहरू प्रयोग गरेर प्रत्येक वंशको स्यूडोटाइपहरूको शीर्षक। फायरफ्लाइ लुसिफेरेज गतिविधि 48 घन्टा पोस्ट-संक्रमण मा सापेक्ष luminescence एकाइ (RLU) को रूपमा मापन गरिएको थियो। औसत र SD एक प्रतिनिधि ट्रिपलिकेट प्रयोगबाट गणना गरिएको थियो।
अर्को, हामीले माथि उल्लिखित स्यूडोटाइप गरिएका भाइरसहरू प्रयोग गर्यौं जुन सान्टियागो, चिलीमा युनिभर्सिडाड डे चिली र क्लिनिक सान्ता मारियाका स्वस्थ स्वास्थ्यकर्मीहरूबाट 79 प्लाज्मा नमूनाहरू प्रयोग गरेर तटस्थता परीक्षणहरू प्रदर्शन गर्यौं।
हामीले ID4 titer गणना गर्न नसक्दा हामीले 50 नमूनाहरू बहिष्कार गर्यौं। विश्लेषण गरिएको नमूनाहरूबाट, 73% महिलाहरूसँग मेल खान्छ, औसत उमेर 34 वर्ष (IQR 29 - 43) र 25 को एक शरीर अधिकतम सूचकांक (BMI) (IQR 22.7 - 27)। 20.5% सहभागीहरूले सक्रिय धुम्रपान गर्ने घोषणा गरे जब खोप अवधि चल्यो। नमूनाहरू कोरोनाभ्याक खोपको दोस्रो डोज पछि ९५ दिनको मध्यमा (IQR 95 - 76) प्राप्त गरियो।
हामीले देख्यौं कि जंगली प्रकारको स्पाइक प्रोटीन बोक्ने स्यूडोटाइप भाइरसको तटस्थीकरणले 50% निरोधात्मक कमजोरी (आईडी)50) मतलब 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,) को टाइटर, जबकि यो 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95%.104.57% CI, 75.02% CI),। CI ) र 134.11 (95 - 78.75, 49.8% CI) क्रमशः D107.6G म्युटेन्ट वा अल्फा, गामा र Lambda भेरियन्टहरूबाट स्पाइक प्रोटीन बोक्ने स्यूडोटाइप गरिएका भाइरसहरूका लागि।
हामीले ID को ज्यामितीय अर्थ टाइटर पनि देख्यौं50 टाइटरहरू Lambda स्पाइक बोक्ने स्युडोटाइप गरिएको भाइरसको लागि 3.05 (2.57 – 3.61, 95% CI), गामा स्पाइकको लागि 2.33 (1.95 – 2.80, 95% CI), 2.03 (1.71, 2.41) को कारकले घट्यो। Alpha स्पाइकको लागि र 95 (1.37 - 1.20, 1.55% CI) D95G स्पाइकको लागि वाइल्ड प्रकारको स्पाइकको तुलनामा।
हाम्रो अध्ययन समूहमा लिंग, उमेर, बडी-मास इन्डेक्स (BMI) वा धुम्रपान स्थिति र एन्टिबडी टाइटरलाई तटस्थ गर्ने बीचको कुनै सम्बन्ध भेटिएन।
चित्रा 2।कोरोनाभ्याक खोपहरूबाट प्लाज्मा नमूनाहरू प्रयोग गरेर तटस्थीकरण परख
(A) पारस्परिक 50% तटस्थीकरण टाइटरमा परिवर्तनहरू (ID50D75G (वंश B), अल्फा (वंश B.614) विरुद्धको कोरोनाभ्याक खोपको 1.1.7 प्राप्तकर्ताहरूबाट प्लाज्मा नमूनाहरूमा,
जंगली-प्रकारको भाइरसको तुलनामा गामा (वंश P.1) र Lambda (वंश C.37) भेरियन्टहरू। नतिजाहरू मिल्दो नमूनाहरूको तटस्थीकरण टाइटरहरूमा भिन्नताको रूपमा देखाइन्छ। ID को तुलनाको लागि P मानहरू50 विल्कोक्सन हस्ताक्षरित श्रेणी परीक्षण संग गणना गरिन्छ।
(B) बक्स प्लटहरूले ID को मध्य र अन्तरक्वार्टाइल दायरा (IQR) संकेत गर्दछ50 प्रत्येक छद्म टाइप गरिएको भाइरसको लागि। कारक परिवर्तनहरू ID मा ज्यामितीय मध्य शीर्षकको भिन्नताको रूपमा देखाइन्छ50 वाइल्ड टाइप स्यूडोटाइप भाइरसको तुलनामा। सांख्यिकीय विश्लेषणहरू विल्कोक्सन मिलान-जोडाहरू हस्ताक्षरित-रैंक परीक्षण प्रयोग गरेर प्रदर्शन गरियो।
सँगै, हाम्रो डेटाले पत्ता लगायो कि चिली र दक्षिण अमेरिकी देशहरूमा अत्यधिक परिक्रमा भइरहेको रुचिको नयाँ मान्यता प्राप्त संस्करणको स्पाइक प्रोटिनले बढ्दो सङ्क्रमण र कोरोनाभ्याकले निकालेका एन्टिबडीहरूलाई बेवास्ता गर्नबाट उम्कने क्षमता प्रदान गर्ने उत्परिवर्तन गर्दछ।
